Esta línea reúne las técnicas y principios de las dos líneas anteriores y busca aplicarlas a sistemas forestales concretos en combinación con aproximaciones poblacionales o de comunidad. Fernando Valladares ha abordado el estudio de diversos aspectos de ecología forestal en colaboración con expertos y grupos científicos en ecosistemas contrastados de la Península Ibérica, desde hayedos pirenaicos hasta alcornocales gaditanos, pasando por encinares castellanos y pinares y tejedas de montaña. Esta línea es la que actualmente centra los esfuerzos de la red temática GLOBIMED (ver apartado de líneas futuras) que coordina el candidato. Los principales temas de investigación son: